Het KCE is actief in de volgende domeinen:
- Health Services Research (HSR): organisatie en financiering van gezondheidszorg
- Health Technology Assessment (HTA): evaluatie van medische technologieën
- Good Clinical Practice (GCP): ontwikkeling van klinische praktijkrichtlijnen volgens de meest recente wetenschappelijke ontwikkelingen en deelname aan het Belgische EBP-netwerk
- KCE Trials programma: coördinatie van het Belgisch programma van niet-commerciële klinische studies
- Methods: ontwikkeling van nauwgezette methodologische handleidingen met gevalideerde werkmethoden voor alle onderzoekers in gezondheidszorg en volksgezondheid
