Het KCE is een parastatale instelling van het type B die wordt gefinancierd door de federale overheid. Zijn jaarbudget bedraagt ongeveer €12,8 miljoen, waarvan 79,4% door het RIZIV en 20% door de FOD Volksgezondheid en de FOD Sociale Zekerheid samen worden betaald. Daar komt nog ongeveer €12,3 miljoen bij voor het KCE Trials programma, dat volledig door het RIZIV wordt gefinancierd.
Het KCE ontvangt ook een aantal Europese subsidies voor zijn deelname aan internationale onderzoeksnetwerken en -projecten.
Onze resultaatrekeningen en balans kunnen worden geraadpleegd in onze jaarverslagen.
