Le management du KCE est confié à
- Ann VAN DEN BRUEL, Directeur général
- Christophe JANSSENS, Directeur général adjoint
- Irina CLEEMPUT, Directeur de programme scientifique
- Roos LEROY, Directeur de programme scientifique
L’AR du 20 février 2003 relatif à la désignation et à l’exercice des fonctions de management au sein du KCE prévoit que tous les titulaires d’un tel poste devront déposer un projet de plan de management et de plan opérationnel endéans les six mois qui suivent leur désignation. Le plan de management porte sur une période de six ans, soit la durée d’un mandat.